Este é o núcleo mais antigo do palácio, uma estrutura fortificada que foi construída para defender o território envolvente. Reformado no tempo de D. Dinis e D. Isabel de Aragão (séc. XIII), este Paço exibia, perante a população, a autoridade senhorial. Autoridade essa que cabia à Rainha, a quem o rei entregava as terras (ou vila) de Sintra para sua gestão. Como autoridade máxima, as rainhas tinham o seu aposento nesta zona do Paço, que era a mais inacessível de todas.

No século XVII, este espaço teve uma utilização diferente. Tornou-se prisão do rei D. Afonso VI, que foi afastado pelo irmão. O rei viveu aqui, inacessível e guardado por 300 soldados, durante nove anos. O Paço, símbolo de autoridade em períodos mais antigos, agora obsoleto, passava a ser um espaço de prisão de um rei a quem era retirada a autoridade real. Na Câmara de D. Afonso VI, é possível observar um dos mais antigos pavimentos cerâmicos do palácio (c. 1430-1440).