Para o átrio das enfermarias abrem quatro dependências, duas das quais seriam celas para doentes. Nesta área do convento existe também uma Botica, divisão onde eram armazenados os medicamentos, à entrada da qual existe um pequeno braseiro onde se podia ferver água para fazer tisanas medicinais e, eventualmente, queimar ervas aromáticas para purificar o ar malsão.

Na mesma zona do convento onde se tratavam as doenças do corpo tratar-se-iam também as doenças do espírito, razão por que se encontra aqui a única sala do convento que não tem janelas. Esta divisão, designada Sala da Penitência, visava o recolhimento profundo na obscuridade para meditação e reflexão pois, na obscuridade, a introspeção não é perturbada por distrações.