As obras promovidas por D. Fernando II danificaram parte da necrópole cristã implantada em redor da igreja, tendo aqui sido erigido um túmulo para sepultar as ossadas então recolhidas. Nele foram gravados em pedra um crescente lunar, uma cruz e também o epitáfio «O que o Homem juntou, só Deus poderá separar», por não se saber se se tratava de restos humanos cristãos ou muçulmanos.