Construída no século XII, após a conquista de D. Afonso Henriques (1147), foi a primeira igreja paroquial de Sintra e terá permanecido a culto até ao século XIV. Este templo é construído em alvenaria de pedra de granito, com espessas paredes. A abside apresenta vestígios de pinturas góticas, datadas do século XV.

A partir de 1840 é transformada por D. Fernando II numa ruína romântica integrando a floresta luxuriante do Parque da Pena.

A Igreja de São Pedro de Canaferrim foi convertida em Centro de Interpretação do Castelo dos Mouros, onde são exibidos os objetos recolhidos nas escavações arqueológicas, decorridas entre 2009 e 2013, e apresentada a história do castelo.