L'entrée de l'infirmerie donne sur quatre pièces dont deux devaient être des cellules pour les malades. Cette partie du couvent comprenait également une pharmacie, pièce où étaient entreposés les médicaments et à l'entrée de laquelle un petit réchaud servait à faire bouillir de l'eau pour les tisanes médicinales et éventuellement à brûler des herbes aromatiques pour assainir l'air.
L'infirmerie était le lieu où l'on soignait les maladies du corps, mais grâce à la seule pièce sans fenêtre du couvent, les maladies de l'esprit étaient également traitées. Cette pièce, appelée salle de la Pénitence, avait pour fonction de permettre un recueillement profond propice à la méditation et la réflexion, l'obscurité diminuait les distractions et aidait à une meilleure introspection.